Dinámica Molecular

Responsables

Comentarios y/o Sugerencias

Lic. Juan Pablo Bustamante
Lic. Victoria Gisel Dumas
Lic. Diego Gauto

Duración
8 horas

Cupo máximo
30 personas

Programa
Mañana - Teoría
1. Aproximación de Born-Oppenheimer
2. Superficie de Energía Potencial (SEP)
3. Técnicas de muestreo
       a. MD y Montecarlo
       b. Construyendo una SEP
           i. Campo de fuerzas
4. Hacia una simulación de dinámica molecular
       a. De dónde surge?
           i. 2da ley de Newton
           ii. Integrando ecuaciones de movimiento
           iii. El time-step
           iv. Ensambles
       b. Limitaciones
           i. Tiempos de fenómenos biológicos
           ii. Costo computacional
           iii. Limitaciones de la técnica

Tarde – TP teórico-práctico 
1. Introducción
2. El pdb
3. Archivo de topología
4. Archivo de parámetros
5. Preparando el sistema
         a. Solvatación
         b. Minimización
         c. Termalización
         d. Equilibración
         e. Dinámica de producción
6. Análisis de simulaciones de dinámica molecular

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