Workshop: Nuevas Tecnologías de Secuenciación. Aplicación a ensamblado de novo y RNA-Seq
Comentarios y/o Sugerencias
Responsables
Dr. Ariel Amadio (INTA Rafaela - UNER)
Dr. Mario Caccamo (Head of Bioinformatics en The Genome Analysis Centre - Reino Unido)
Duración:
Lunes 24: desde las 14 hs
Martes 25: todo el día
Cupo (No habrá extensión y se hará una evaluación de aceptación a cargo de los docentes)
20 alumnos
Se requieren conocimientos básicos de la línea de comandos de Linux.
Programa tentativo
Se hará hincapié en la parte práctica que involucre la utilización de resultados de secuenciación masiva. Se dará una introducción teórica necesaria, pero el workshop se centrará en la utilización de software y análisis de resultados.
Teoría
Nuevas tecnologías de secuenciación (NGS). Funcionamiento, rendimiento y posibilidades. Tipos de bibliotecas y sus aplicaciones. Formatos de secuencia, análisis de calidad de corridas y problemas comunes.
Ensamblado de secuencias y su utilización en genomas pequeños. Mapeo de secuencias contra genomas de referencia. Evaluación de resultados y calidad de los mismos. Scaffolding y alternativas para el cierre de genomas de novo.
Transcriptómica en organismos eucariotas. Diseño experimental, réplicas técnicas y biológicas. Mapeo de lecturas contra genomas de referencia. Estimación de niveles de expresión y comparación de condiciones.
Práctica
- Evaluación preliminar de resultados: Determinación de nro de lecturas, eliminación de tags, corte por calidad y estimación de cobertura. Datos de plataformas: Roche 454, Illumina (MiSeq y GAII). Software: FastQC, prinseq, fastx-toolkit
- Ensamblado: ensamblado de un genoma bacteriano con secuencias de Roche 454. Ensamblado de un BAC con tecnología Illumina GAII. Ensamblados híbridos. Scaffolding. Software: velvet, MIRA, flash, sspace
- RNA-Seq: mapeo de lecturas contra genoma de referencia. Estimación de niveles de expresión y comparación de condiciones. Software: bowtie, tophat, cufflinks, DESeq, IGV (Integrative Genomics Viewer).
